در حسابرسی مالی، حسابرسان بیشتر، از استانداردها و اصول پذیرفته شده حسابداری به‌عنوان معیار استفاده می‌کنند. معیارها در حسابرسی عملیاتی، شرایط متفاوتی با حسابرسی مالی دارند، زیرا اولا‌ً این نوع حسابرسی نظامی نوظهور است و دیدگاهها و اسلوب‌شناسی آن در هر کشور متفاوت است. ثانیاً از پشتوانه دوره‌ای طولا‌نی در کارهای دانشگاهی و حرفه‌ای برخوردار نیست. ثالثاً، حسابرسی عملیاتی در شرایط حاضر سعی در ارزیابی عملکرد واحدهای اقتصادی دارد. معیارها معمولا‌ً درون‌سازمانی هستند و یا به وسیله حسابرس عملیاتی و با هماهنگی مدیریت تدوین می‌شوند. یک معیار حداقل در دو شکل عام و خاص قابل ارائه است. معیارهای عام از اصول عقلا‌یی یا تفکر منطقی استنتاج می‌شود. معیارهای خاص از روشهای دستیابی به هدفهای یک پروژه یا برنامه خاص منتج می‌شود. ویژگیهای کلیدی معیارها شامل قابل فهم بودن، مربوط بودن، قابل اتکا بودن و مقایسه‌پذیر بودن است.

اصول تعیین معیارهای حسابرسی عملیاتی، اصولی سخت و دست نیافتنی نیستند. مهمترین این اصول شامل آن است که: الف- حسابرسان باید سعی کنند اجزای مختلف برنامه را در درون پروژه یا کارهای محوله شناسایی کنند؛ ب- روشها و سیاستهای واحد مورد رسیدگی را مورد تفحص قرار دهند؛ پ - در موقع نبود هرگونه روش تثبیت شده، حسابرسان باید در واحدهای اقتصادی مشابه به جستجوی چنین روشهایی بپردازند؛ ت - اطلا‌عات مربوط به گذشته واحد اقتصادی را مورد تجزیه و تحلیل قرار دهند و با استفاده از تکنیکهای آماری، خود به تعیین معیارها بپردازند؛ ث - گاهی حسابرسان معیارهای حسابرسی را از انتظارات استفاده‌کنندگان از خدمات واحد اقتصادی کسب می‌کنند. در بسیاری از موارد ممکن است هیچ معیاری وجود نداشته باشد و از این رو باید معیارهای جایگزین مشخص شود. در این خصوص سه راهکار تجزیه و تحلیل مقایسه‌ای، استفاده از استانداردهای جایگزین و آزمون منطقی بودن عملیات وجود دارد.